Các nhà khoa học Trung Quốc phát triển khung AI ContactSeek giúp chỉnh sửa base DNA chính xác

Các nhà nghiên cứu từ Đại học Bắc Kinh và Đại học Sư phạm Hoa Đông đã phát triển ContactSeek, một khung AI sử dụng xác suất tiếp xúc của AlphaFold3 để thiết kế các công cụ chỉnh sửa base DNA có độ đặc hiệu cao. Được công bố trên tạp chí Nature, khung này giúp xác định các dư lượng axit amin quan trọng nhằm giảm thiểu hiệu ứng chỉnh sửa ngoài mục tiêu. Giảm thiểu các đột biến ngoài mục tiêu trong khi vẫn duy trì hoạt tính chỉnh sửa cao là một thách thức lớn trong các liệu pháp chỉnh sửa gen. ContactSeek thiết lập một mô hình mới bằng cách kết hợp mô hình hóa cấu trúc dựa trên AI với giải trình tự thông lượng cao để thiết kế các công cụ chỉnh sửa gen an toàn và chính xác hơn. Mặc dù các dự đoán cấu trúc 3D của AlphaFold3 có thể không thể hiện trực tiếp các thay đổi cấu hình do sự không khớp base, nhưng đầu ra xác suất tiếp xúc (CP) của nó lại cực kỳ nhạy bén với những biến đổi này. Bằng cách phân tích sự khác biệt về CP giữa các phức hợp đúng mục tiêu và ngoài mục tiêu, ContactSeek đã xác định thành công các biến thể Cas9 mới giúp giảm đáng kể hoạt tính ngoài mục tiêu.